Der Freihof Küsnacht ist seit dem Jahr 2003 für das Qualitätsmanagementsystem QuaTheDA (Qualität Therapie Drogen Alkohol) zertifiziert. Die Rezertifizierung erfolgt alle drei Jahre, wobei sich der Freihof Küsnacht dem jährlichen Aufrechterhaltungs-Audit unterzieht.

Seit 2021 ist der Freihof Küsnacht zudem nach IN-Qualis zertifiziert. Diese Norm dient speziell der Sicherung und Entwicklung von Qualität im Bereich von Dienstleistungen der Arbeitsintegration.

Jährlich stattfindende interne Audits, regelmässige KlientInnen-, Kunden-, Zuweiser- und Mitarbeiterbefragungen tragen zur Aufrechterhaltung der Qualität und der kontinuierlichen Verbesserung bei.