Der Freihof Küsnacht ist seit dem Jahr 2003 für das Qualitätsmanagementsystem QuaTheDA (Qualität Therapie Drogen Alkohol) zertifiziert. Die Rezertifizierung erfolgt alle drei Jahre, wobei sich der Freihof dem jährlichen Aufrechterhaltungs-Audit unterzieht. Die letzte Rezertifizierung erfolgte am 24. Februar 2016.

Sämtliche Bereiche des Freihof richten sich nach den ab 2012 gültigen Standards des Qualitätsmanagementsystem QuaTheDA. Jährlich stattfindende interne Audits, regelmässige KlientInnen-, Kunden-, Zuweiser- und Mitarbeiterbefragungen tragen zur Aufrechterhaltung der Qualität und der kontinuierlichen Verbesserung bei.